За період використання храму для богослужінь зафіксовано численні пошкодження його стін, підлоги, іконостаса, живопису. Особливо прикро констатувати збиття кутів у вівтарі, необхідність вимушеної негайної реставрації ікони М. Врубеля "Святий Кирило", залиття олією кам'яної підлоги, кіптяву від надлишкової кількості свічок, проведення несанкціонованих поновлень втрат живопису тощо, що засвідчують відповідні акти. З психіатричної лікарні, яка розташована безпосередньо за парканом музею, на богослужіння приводять хворих. Присутність психічнохворих, які не контролюють себе та не відповідають за свої дії, є неприпустимим у такій унікальній пам'ятці. Священики виступають проти необхідності збереження давньоруських фресок, живопису М. Врубеля, іконостасу; заявляють про необхідність перемалювання стін церкви і заміни іконостасу, до речі, унікального витвору мистецтва ХІХ ст.; представники громади відмовляються підписати Охоронний договір.

Проведені фізико-хімічні дослідження вже наприкінці 90-х років ХХ ст. показали незадовільний стан температурно-вологісного режиму в Кирилівському храмі, що зумовлено значним припливом людей під час богослужінь. Занепокоєння вчених посилилося на початку ХХІ ст. Зокрема, доктор фізико-математичних наук Максим Стріха писав:" Кіптява від свічок осідає на давніх фресках. Розбите захисне скло призвело до відшарувань фарби на іконі Врубеля "Святий Кирило" в іконостасі. Стінопис практично неможливо захистити в дні великих свят, коли віруючи просто витирають його спинами й плечима" (Стріха М. Кирилівській церкві винесено вирок // День. 2004. 4 березня №39)

Незважаючи на прикрі факти негативного впливу на стан пам'ятки проведення у ній богослужінь, 30 вересня 2004 р. Міжвідомча комісія з підготовки пропозицій щодо відновлення прав церков і релігійних організацій, які були порушені внаслідок проведення колишнім Союзом РСР тоталітарної політики стосовно релігії, прийняла фатальне рішення забезпечити передачу в користування релігійних громад Української православної церкви та Української автокефальної православної церкви відповідно Кирилівську та Андріївську церкви. Відтак з листопада 2004 р. на вимогу парафії та за наказом колишнього Голови Держбуду України у музеї "Кирилівська церква" розпочато щоденні ранкові та вечірні богослужіння. Проведення щоденних богослужінь, поза всякими сумнівами, призведе до втрати або принаймні до серйозних пошкоджень унікальної музеєфікованої пам'ятки.
З огляду на те, що у постійному користуванні Свято-Кирилівської парафії є величезна за площею трапезна церква Святого Василія ХVІІІ ст., лікарняний корпус, наданий адміністрацією психіатричної лікарні, пустинь (будинок з садибою) на території лікарні, є погодження на передачу парафії будинку священика, розташованого біля Кирилівської церкви, - необхідно припинити богослужіння у Кирилівській церкві.